Факультэт адкрыты ў адпаведнасці з загадам рэктара ўніверсітэта акадэміка АН БССР А.Н. Сеўчанка 1 красавіка 1970 года на базе трох кафедраў: вылічальнай матэматыкі, прыкладной матэматыкі, дыферэнцыяльных раўнанняў. Падобныя факультэты ў 60-70-ые гады былі створаны і ў іншых вядучых універсітэтах былога Савецкага Саюза (Маскоўскім, Ленінградскім, Новасібірскам, Кіеўскім і інш.) у сувязі з запатрабаваннямі народнай гаспадаркі ў прынцыпова новых спецыялістах - прыкладных матэматыках, якія выкарыстоўваюць у сваёй працы на высокім прафесійным узроўні сучасныя матэматычныя метады і кампутарныя тэхналогіі. Да 1993 гады факультэт быў вядомы як факультэт прыкладнай матэматыкі. Перайменаванне факультэта звязана з уводзінамі новых спецыяльнасцей і спецыялізацый падрыхтоўкі. Вялікую ролю ў арганізацыі і станаўленні факультэта сыгралі вядомыя матэматыкі акадэмікі АН БССР Мікалай Паўлавіч Яругін, Уладзімір Іванавіч Крылоў, прафесар Юрый Станіслававіч Багданаў. Дэканам факультэта з дня яго падставы да 1981 гады з'яўляўся член-карэспандэнт АН БССР, прафесар Іваноў Яўген Аляксеевіч. Затым да 1996 гады дэканам факультэта з'яўляўся прафесар Корзюк Віктар Іванавіч, а з 1996 гады па цяперашні час - дацэнт Мандрык Павел Аляксеевіч.
На базе факультэта прыкладнай матэматыкі і інфарматыкі створаны і працуюць у цесным супрацоўніцтве з ім Установы БДУ са статутам юрыдычнай асобы: «Інстытут тэхналогій інфарматызацыі і кіравання» і «Навукова-даследчы інстытут прыкладных праблем матэматыкі і інфарматыкі». Факультэт мае навучальна-навуковы вылічальны комплекс, абсталяваны сучаснымі кампутарамі.